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Pendant son internat de médecine, à Lille, Jean-Claude Ameisen s'oriente vers la recherche au sein de l'INSERM dans le domaine de l'immunologie. De 1986 à 1987, il fait un post-doctorat à l'université Yale. Il est nommé professeur de médecine en 1998 à l'Université Paris Diderot et à l'Hôpital Bichat. Depuis 2003, il est le président du comité d'éthique de l'INSERM2,3, et devient en 2005 membre du Comité consultatif national d'éthique4,5.
Auteur de nombreux essais sur la science, Jean-Claude Ameisen anime depuis septembre 2010 l'émission Sur les épaules de Darwin sur France Inter. En juillet 2011, il intègre l'équipe de campagne de Martine Aubry pour l'élection présidentielle de 2012 chargé avec Charlotte Brun de la thématique « Personnes âgées, Dépendance, et Handicap6 ».
Jean-Claude Ameisen est aussi le frère du professeur Olivier Ameisen.